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MOEフォーラム 2014

統合計算化学システム「MOE」の最新情報と応用事例をご紹介する「MOEフォーラム 2014」をご案内いたします。

MOEフォーラムでは、MOEの開発責任者、技術サービスの責任者から、計算化学分野における最新の基礎研究の成果を紹介します。また、生命科学、創薬研究の分野の第一線でご活躍されている先生方をお招きし、MOEを利用されたご研究の応用事例を発表して頂きます。更に、弊社技術スタッフによるMOEの応用的な利用例をご紹介いたします。

MOEフォーラムは、MOEに関連する最新のトピックスをご提供する場として、毎年多くの研究者の方々にご参加頂いております。MOEをお使いでない方でも、研究者の方には自由にご参加して頂けます。 MOEの開発者、弊社技術サポートスタッフ、 MOEフォーラムのご参加者の方を交えて、自由闊達な意見交換の場にして頂きたく存じますので、皆様、奮ってご参加ください。

皆様のご参加を心よりお待ち申し上げます。

* MOEに関する詳細は、弊社ウェブサイトをご覧ください。
http://www.rsi.co.jp/kagaku/cs/ccg/index.html

日時・場所

日時 会場
2014 年 7 月 8 日(火)
10:00-17:20 (受付 9:30〜)
大手町サンケイプラザ (アクセスマップ)
〒100-0004 東京都千代田区大手町1-7-2
(地下鉄大手町駅 A4・E1出口直結)
TEL:03-3273-2258 / 2259
    会場: 3F 301、302会議室

参加費

無料

プログラム

時間 講演内容 講演者
10:00-10:10 ご挨拶 株式会社菱化システム
10:10-10:30 MOEイントロダクション 株式会社菱化システム
10:30-10:50 タンパク質関連機能を利用した解析例
昨今タンパク質の研究において、計算化学的手法を取り入れ、研究の効率化や事象の解明を試みるケースが論文などで数多く紹介されております。MOEにおいてもタンパク質関連の機能がバージョンの更新の度に追加されており、幅広くご利用頂いております。
本講演ではMOEで行えるタンパク質解析の中から特に最近追加された機能について、実験結果との比較と共にご紹介します。タンパク質の表面解析、変異体モデルの構築、物性値推算など、タンパク質の実験に有用な機能を実際の操作を交えてご紹介します。

1. タンパク質の表面解析
  タンパク質の特徴的な表面を視覚的に捉えることのできる Protein Patch機能の事例
2. 変異体モデルの自動構築
  自動変異体構築機能を用いたタンパク質の機能改変について、親和性や安定性の改変を目的とした解析例
3. 各種物性値推算
  タンパク質の各種物性値推算や、pH変化による影響について解析。
   
株式会社菱化システム
岡田 晃季
10:50-11:20 Organizing 3D Project Data for SBDD in MOE
We introduce MOE Project, a tool for organizing disparate crystallographic project data into a MOE database (MDB). Through a web-based configuration tool, users can specify numerous options controlling superposition and alignment of structures in a family, ligand specification, and whether electron densities or other grids are to be included. The final result is an MDB containing superposed structures all in the same frame of reference, which can then be easily browsed in the MOE system manager. From here, structures can be dynamical regrouped, for example by scaffold class, for easy management.
Specific applications of MOE Project MDB files include family-based homology modeling, which benefit from a highly enriched source for templates and loop conformations; and family-specific panels for further searching in or filtering structures.
Chemical Computing Group Inc.
Executive Vice President
Ms. Elizabeth Sourial
11:20-11:30 休憩 ---
11:30-12:15 【招待講演】
親和性向上を目指した抗体の可変領域改変とその物理化学的特性
(要旨(PDF))
東京大学大学院
工学研究科
助教 長門石 曉 先生
12:15-13:15 ランチ&デモンストレーション ---
13:15-14:00 【招待講演】
Gタンパク質共役型受容体の立体構造モデル構築手法の開発とCXCR7バーチャルスクリーニングへの応用
(要旨(PDF))
株式会社ファルマデザイン
吉川 寧 先生
14:00-14:30 MOE/web SOAPアプリケーションの開発
MOE/web のSOAP機能を利用すると、ローカルマシンのMOEから、MOE/webサーバーで公開するSOAPアプリケーションを利用することができます。これの1つ目の利点は、各ローカルマシンにアプリケーションをインストールする必要が無いこと、そしてもう1つの利点は、ローカルマシンから高性能なサーバーマシンを簡単にリモートで利用できることです。 本講演では、MOEで表示した分子を入力としてSOAPを介したBioSolveIT社製ソフトウェアFTreesおよびPoseView、統計解析ソフトウェアRの活用例を紹介します。

各SOAPアプリケーションの概要
1)FTrees
  以下の3種類の機能があります。
  1. 化合物データベースに対する類似構造検索
  2. 2つの化合物の官能基ごとの類似性の評価
  3. de novoリガンド設計

2)PoseView
タンパク質-リガンド相互作用や、注目する残基とその周辺残基との相互作用の2D図を作成します。このプログラムは、RCSB PDBのインターネットサイトでも利用されています。

3)R
Rは、統計解析と統計データの可視化のためのフリーソフトウェアです。MOEのDatabase Viewer(DBV)からRを利用することができます。DBVに保存されたデータに対して検定計算や多種多様のプロットを描かせることが可能です。
株式会社菱化システム
甘利 真司
14:30-15:00 PSILO: タンパク質立体構造情報管理システムの新機能のご紹介
PSILOは、ウェブベースのインターフェースを持つタンパク質-リガンド複合体構造のデータベースシステムです。タンパク質立体構造データを整理して、多様なクエリーで検索可能にし、情報共有を支援します。
PSILOを用いると、計算化学者は、キーワード、相同配列、3D-相互作用、タンパク質類似ポケットなど、多様なクエリーによる複合的な検索でタンパク質立体構造データに効率的にアクセスすることができます。
実験研究者は、研究対象とするタンパク質ファミリーをリガンド結合部位や、リガンド構造、ポケット類似性などを基準に重ね合わせて、その特徴を端的に確認することができます。
構造解析研究者は、PDBフォーマットファイル以外にも、複数の構造因子ファイル、スケーリングログファイル、スケーリングデータファイル、TLSパラメータファイルなど関連付けてタンパク質立体構造データを管理することができます。また、データへのアクセス権限も管理することができます。
本セッションでは、このようなPSILOの機能を新機能を中心に紹介します。
   
株式会社菱化システム
東田 欣也
15:00-15:15 休憩 ---
15:15-16:00 【招待講演】
病原性RNAウイルス研究と計算科学
(要旨(PDF))
国立感染症研究所
佐藤 裕徳 先生
16:00-16:45 Creating Focused Libraries for Protein Engineering
Protein engineering plays a pivotal role in modulating the function, activity and physical properties of biologics. Representative strategies employed in protein engineering include directed evolution and rational protein design. Although both approaches are effective at identifying and optimizing protein therapeutic candidates, efficient search and evaluation of an excessively large sequence design space becomes challenging and requires multiple experimental rounds to reasonably assess the sequence space. Here we have developed a computational approach which predicts mutation probabilities for given residue sites in specified sequences. In assessing the probabilities at given residue sites, the sequence search space can be efficiently sampled to design and produce focused mutant libraries.
Chemical Computing Group Inc.
President
Mr. Paul Labute
16:45-17:20 Overview MOE 2014 Chemical Computing Group Inc.
President
Mr. Paul Labute
本セミナーは終了いたしました。ご参加、ありがとうございました。

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  【お問い合わせ先】
   株式会社菱化システム 科学技術システム事業部
   Tel: 03-6830-9724   E-mail: support@rsi.co.jp

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